Perú y Bolivia tratan de sacar consecuencias positivistas de su derrota frente a Chile en la Guerra del Pacífico. El episodio es traumático para ambos países. En Perú, la vieja oligarquía pierde el anhelo de controlar el comercio interregional en el Pacífico sur, cediéndolo a Chile, y Bolivia pierde la salida al mar y ricos yacimientos minerales. Perú y Bolivia abordan un proceso de reconstrucción (en Perú, ideológica; en Bolivia, total). La derrota proporciona una buena disculpa para iniciar en ambos países movimientos de cambio. Tiene mucho que ver con la reflexión que hacen los intelectuales de por qué se ha llegado a esa situación. Se critican los viejos ideales libertarios de la primera etapa romántica y liberal, y se plantea la realidad de su propio mundo. La doctrina positivista es utilizada como un instrumento de análisis, de crítica y de búsqueda de propuestas y soluciones a los problemas de ambos países. Se trata de reconocer los errores cometidos e intentar subsanarlos.
El Positivismo en Perú
En Perú, inicia el positivismo el español José Joaquín de Mora. Es partidario de la escuela escocesa y también propaga las nuevas doctrinas de Comte. Hay una discusión entre si identificarse más con las conservadoras teorías de Comte o las liberales ideas de Spencer. Las ideas de Spencer calan con fuerza a través de Juan Federico Elmore. José Antonio Barrenechea defiende una reforma de las ciencias sociales dentro del espíritu del positivismo. Daniel Carrión, médico, reclama de forma insistente la adopción de un positivismo de corte científico. Otro de los intelectuales de peso es Mariano Cornejo, que se inspira en la teoría de la evolución y en una idea de Spencer: la analogía organicista. Acepta la idea de Comte de la libertad bajo un orden siempre que no sea en una dictadura. Se opone a la dictadura del general Cáceres. Argumenta que la libertad y el orden deben custodiarse en una situación legal y armónica. Las ideas positivistas llegan también al campo de la historia. Javier Prado y Ugarteche aplica a la historiografía de Perú los postulados positivistas defendiendo la necesidad de remozar la sangre peruana. Cree que hay que aumentar la población peruana y cambiar sus características para llevar al país por la senda del progreso. Manuel Vicente Villarán también participa de estas ideas, intentando aplicarlas a la historia de la enseñanza. Cree que conviene enmendar el rumbo de la educación nacional para producir hombres prácticos, industriosos y enérgicos, pues es el tipo de personas que hacen falta para hacerse ricos y fuertes.
El Positivismo en Bolivia
En Bolivia, el momento oportuno para la implantación de las nuevas ideas surge en 1899 con el triunfo del Partido Liberal sobre los conservadores. A partir de este momento se pone un énfasis especial en el matiz social de la política. Se quiere plantear una reacción contra los principios del catolicismo, postulándose una especie de idealismo que no funciona, que es incapaz de solucionar los problemas del país y sacarlo de su aislamiento y su miseria. Contribuye a la difusión de las ideas positivistas el Círculo Literario de La Paz, que crea una revista prestigiosa. Agustín Aspiazu propugna la necesidad de conocer la realidad nacional partiendo del análisis de la geografía. Funda en 1899 la Sociedad Geográfica de La Paz para realizar un estudio sistemático de la geografía y sentar las bases adecuadas para proponer un programa de reconstrucción nacional. A partir de aquí surgen los dos grandes ideólogos del positivismo boliviano. Gabriel René Moreno enfoca el problema boliviano desde una perspectiva naturalista. Es un gran exponente de la escuela de Darwin. Se forma fuera de su país, en Chile, y trata de mediar entre Chile y Bolivia en la Guerra del Pacífico. Piensa que la sangre indígena es uno de los factores que entorpecen el desarrollo de su patria. Concibe la idea de que los cerebros del indígena y el mestizo son inferiores al del blanco y no pueden asimilar conceptos de libertad y progreso. Cree que indígenas y mestizos sucumbirán ante los blancos. Propone dos medios para remediar el atraso del país: acudir a la inmigración y a la industrialización. Siguiendo sus postulados aparece Nicomedes Antelo, que lleva hasta las últimas consecuencias los planteamientos de Moreno. Aboga claramente por la extinción de la raza indígena siguiendo de un modo muy particular el pensamiento evolucionista en la línea de Spencer. Es una de las personas en las que se basarán más adelante los postulados de los nacionalsocialistas. Las ideas de Spencer influyen también en intelectuales bolivianos como Luis Arce Lacace y Daniel Sánchez Bustamante.