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El pensamiento de Descartes solo tiene sentido a partir de su objetivo, reforma del conocimiento.
Esto se debe a que Descartes culpa a la filosofía de que no ofrece nada que no sea objeto de disputa. A pesar de ello, ya que también es fuente de conocimiento, no debe ser abandonada sino reformada para extraer de ella principios intelectuales con los que ordenar y unificar el campo del saber, la razón humana debe ser única para todo el conocimiento. Para esto debe existir un método por el cual, aplicándolo, de alcance la verdad. Este no consiste en acudir a las cosas a través de la experiencia sensible sino en elaborar principios intelectuales ajenos en principio a ella.
Va a servir de modelo la manera en la que las razones de las matemáticas adquieren certeza y evidencia.
Se busca pues una ciencia perfecta y solo la aritmética y la geometría son perfectas; de las dos vías de conocimiento, la experiencia y la deducción. La deducción, sobre la que se levanta el método, es posible gracias a la evidencia, la concepción indubitable de nuestra razón para, sin necesidad de la experiencia externa, comprender pues no puede ser de otra manera. Para Descartes a través de las formas mentales es posible descifrar el conocimiento y entender el mundo, siempre que se realice a través de un método.
El método, que consiste en cuatro reglas, para emplear bien los dos modos de conocer, intuición y deducción, permite alcanzar el conocimiento y no dar lo falso por verdadero. Las reglas son:
1. Evidencia
Es la regla principal ya que el conocimiento debe levantarse sobre la evidencia buscando verdades sólidas y seguras; y el entendimiento alcanza conocimientos por intuición al no haber duda sobre lo que se piensa. De este modo, Descartes descarta todo aquello que posee la mínima duda ya que con el tiempo puede convertirse en falso al no ser totalmente riguroso.
2. Análisis
Según Descartes, cuando se nos presenta un problema debemos descomponerlo en sus partes más pequeñas, es decir debemos dividir el gran problema en problemas simples. Una vez separados esas partes se pueden solucionar de forma intuitiva.
3. Síntesis
Una vez resueltos las partes del problema se procede a su uníón hasta encontrar la solución de este problema tan complejo al que nos enfrentábamos, se aplica la deducción.
4. Revisión y numeración
Revisiones imprescindibles para comprobar que el análisis y la síntesis se han efectuado correctamente.
Inmediatamente después de exponer éstas reglas, Descartes considera que para llegar al conocimiento cierto de todo debe aplicarse el método a las matemáticas, así aplica la unidad del método, el principio de este lleva a analizar cómo funciona la razón. Los éxitos conseguidos en la geometría y el álgebra prueban que el método funciona bien y asegura el correcto uso de la razón.
Por ello el método ayuda a responder afirmando qué sería apropiado aplicarlo a la filosofía u otras materias.
Seguidamente, poniendo en práctica su método, Descartes se entrega a la búsqueda de intuiciones intelectuales evidentes. Para ello se es necesario eliminar las ideas que no sean absolutamente ciertas y se encuentre pues en ellas dudas.
Por ello comienza con la duda cartesiana, esta es universal, metódica y teorética. Duda universal significa que hay que dudar de todo; metódica, que pretende a través de ella alcanzar la verdad; y es teorética pues afecta, no a la creencia y comportamientos éticos, sino a la teoría o reflexión filosófica. Para Descartes estos son los motivos de duda:
-Duda de los sentidos
Puesto que alguna vez nos han engañado, podrían estar haciéndolo siempre. No es suficiente motivo para desconfiar totalmente de ellos pero tratándose de buscar un enunciado de absoluta verdad debemos rechazarlos como si fueran completamente falsos.
Esto conduce a que no se pueda demostrar aún la existencia del mundo exterior pues tenemos conocimiento de él a partir de los sentido.
-Duda entre la confusión entre sueño y vigilia
Teniendo en cuenta que cuando dormimos tenemos los mismos pensamientos que cuando estamos despiertos y no habiendo nada en ellos que nos indique si dormimos o no, podría ser cierto que todo lo pensado hasta ahora sea un sueño al que nada corresponde realmente.
-Duda de errores y paralogismos en el razonamiento matemático
Se puede cometer errores en las cuestiones matemáticas, e incluso cuando no se cometen, sabemos que podríamos haberlos cometido. A pesar de basar el método en las matemáticas, es necesario ir más allá de ellas para encontrar seguridad.
-Duda de la hipótesis de la existencia de un genio maligno
Por último, podría suceder que un ser todopoderoso me estuviera engañando en todo cuanto pienso. Podría haber un genio maligno dotado con la fuerza suficiente para hacerme caer en el error en todo lo que yo creo que es cierto, ya sean proposiciones matemáticas, pensamientos de la vigilia, etc..