Después de comprar que el método funcionaba el siguiente paso era poner en duda todo el conocimiento aprendido para poder llegar a una evidencia para construir el resto a partir de ella.

Ese origen del método es la duda. Ésta será el punto de partida de su filosofía. Tenemos que tener en cuenta que nos encontramos en un periodo de crisis en el cual está presente la duda escéptica, la cual podría convertirse en el enemigo del conocimiento, por lo que Descartes pretende alejarse de ella. Para encontrar la primera evidencia debemos usar la duda metódica, la cual tiene las siguientes carácterísticas:

• Es universal, es necesario poner todo en duda, para que así se puede comprobar qué conocimiento puede pasar la pruebo. Esto es debido a que la filosofía a veces propónía doctrinas para un mismo problema.
• Es metódica, la duda cartesiana es un método mediante el cual se analiza el conocimiento para poder alcanzar un objetivo, es decir, el conocimiento. La duda cartesiana es una duda dinámica que busca eliminar la duda, es decir, duda para dejar de dudar
  
• Es teorética, es el plano del conocimiento en su totalidad. Solo afecta al conocimiento, no a la moral.

Una vez esto, Descartes aplica la duda para ver de qué puede dudar; el primer nivel de la duda que Descartes se plantea es sobre los sentidos y el mundo. Los sentidos en alguna ocasión nos han engañado por lo que no podemos estar seguros de que no lo vayan  a hacer más, por lo que debemos de aplicar la duda en todo nuestro conocimiento por los sentidos. El segundo nivel que se plantea es el sueño y la vigilia. Descartes reconoce que a veces hay sueños que son tan reales que la única forma de saber que no son reales es despertándose. Por lo que debe dudar de la realidad, ya que no está seguro de si es verdad o un sueño. Descartes también duda del razonamiento ya que la razón se puede equivocar cuando realizamos un razonamiento. Aun sabiendo hacer una cosa, nos podemos equivocar. Descartes plantea la hipótesis del genio maligno, que es el único que puede hacernos dudar de las matemáticas. El genio maligno es algo que hay dentro de nosotros y nos hace equivocarnos.

Ya no queda nada más de lo que dudar, por lo que Descartes le busca una solución a esa duda y  es el cogito.
Descartes descubre el cogito porque, aunque puede dudar de todo, no puede dudar de que está dudando, lo que significa que si está dudando está pensando y que por lo tanto, si está pensando es que está existiendo. Esto Descartes lo resumen en: pienso luego existo. A partir de aquí se empieza todo tipo de conocimiento ya que es la primera evidencia, la primera idea clara y distinta, se resiste a la duda metódica que Descartes había puesto en marcha, es algo de lo que no se puede dudar.

De este modo Descartes ya ha encontrado la primera idea, que es el cogito. Es la primera idea porque no se puede dudar de ella y es clara y distinta. Llegados a este punto Descartes plante tres tipos de ideas:

• Ideas innatas: sin ellas no es posible el conocimiento. Estas ideas forman parte de la propia razón, es decir, no necesitan de la experiencia para existir. El cogito es una idea innata, ya que no es necesario la experiencia y no se necesita un esfuerzo mental para conseguirlo.
• Ideas adventicias: son aquellas que necesitan de la experiencia para conocerse.
• Ideas facticias: son las que provienen de una mezcla entre la imaginación y la voluntad y son creadas por el ser humano. Pueden proceder de la suma de varias ideas adventicias.

El yo es una sustancia que existe y que piensa. Una vez que Descartes obtuvo el cogito, creó una teoría sobre los distintos tipos de sustancias que existen. Antes de saber los distintos tipos de sustancias que hay debemos saber que la sustancia es algo que no cambia y que tiene atributos, que son propiedades esenciales y modos que son las accidentales.

• Sustancia pensante o res cogitans: se caracteriza por el pensamiento, es decir, su atributo es el pensamiento y sus modos son querer, juzgar, dudar… Esta sustancia se demuestra en el cogito.
• Sustancia extensa o res extensa: hace preferencia a todo aquello que tiene que ver con lo corpóreo, el cuerpo y el mundo. Su atributo es la extensión y los modos la posición, la figura, los movimientos…
• Sustancia infinita o res infinita: es la conclusión de pensar en la imperfección y la infinitud que tiene la sustancia pensante.

La sustancia pensante y la sustancia extensa son independientes entre sí, solo dependen de Dios. Dios tiene como atributo la infinitud y la perfección, pero no tiene modos porque siempre es igual a sí mismo. Pero ambas son dependientes de la sustancia infinita.

Para Descartes la sustancia pensante se identifica con el alma que es independiente del cuerpo. La separación entre pensamiento y el cuerpo será una de las dificultades que  encontrará la filosofía de Descartes. Para que se pueda explicar la relación entre la sustancia pensante y la extensa Descartes usará la glándula pineal, que die que ambas sustancias están únicas de modo accidental, ya que son dos categorías distintas.

Descartes dice que él es un ser imperfecto, ya que se puede dudar de todo y la duda es síntoma de imperfección.

Él recurre a Dios, ya que este es un ser perfecto y no puede mentir. De este modo demostrando su existencia puede justificar la existencia de la res extensa. Así explica las tres ideas innatas: Dios, alma y mundo, que serán el pilar de su filosofía.