La antropología que propone Descartes es dualista, ya que distingue en el hombre entre el alma (inmortal, porque siendo pensante es simple, indivisible, y no puede cambiar, ni perecer) y el cuerpo (una máquina compleja, construida por Dios, que se caracteriza por su extensión). Ambas partes del hombre son independientes, y no necesitan la una de la otra para existir.

La separación que establece Descartes entre estos dos aspectos del ser humano plantea el problema de la comunicación entre el alma y el cuerpo, que este filósofo resuelve a través de la glándula pineal, situada a la base del cerebro, la cual pone en contacto ambas sustancias a través de los denominados “espíritus animales” (unos corpúsculos materiales ínfimos que, circulando por el interior de los nervios y el cerebro, comunican éste con los músculos).

En base a este dualismo, Descartes construye su teoría de las pasiones del alma, que están causadas por el cuerpo, sin intervención de la voluntad, pues proceden de los movimientos del corazón, la sangre y el sistema nervioso. Las pasiones, a su juicio, son emociones del alma causadas por el cuerpo. Distingue seis emociones primitivas en el hombre, que oscilan entre lo fisiológico y lo psicológico: admiración, amor, odio, deseo, alegría y tristeza; luego, esas pasiones se combinan entre sí, produciendo otras más complejas.

Descartes señala que el hombre puede controlar sus pasiones, modificando las condiciones físicas que las producen. Si dominamos las pasiones, dominaremos el cuerpo; y esto puede hacerlo el hombre, primero, porque dispone de libre albedrío, cualidad que le hace muy superior a los animales (pues las bestias están impulsadas por pasiones que no pueden cambiar), y segundo, porque, mediante su razón puede clarificar sus ideas, para evitar equivocarse al elegir.

Un hombre dotado de una voluntad orientada por ideas claras y distintas, obtenidas mediante la aplicación de un método de razonamiento adecuado, y una serie de reglas que le ayuden a dirigir bien su espíritu, estará en condiciones de controlar mejor sus pasiones, pudiendo así elegir más racionalmente y disfrutar de un mayor grado de libertad.

Una vez demostrada la existencia del mundo exterior, y analizada la composición del hombre en alma y cuerpo, ¿Cómo ha de comportarse el hombre en el mundo para vivir bien y alcanzar la felicidad? La respuesta se encuentra en la moral, que para Descartes supone el grado más alto de la sabiduría.

Antes de formular el método y descubrir la verdad, Descartes sostiene que el hombre ha de aplicar una moral provisional, que, básicamente consta de tres máximas, encaminadas a garantizar una conducta prudente y evitar problemas en la vida: 1ª) Adaptarse a las costumbres y leyes del país donde se vive; 2ª) Ser firme y resuelto en las acciones que uno resuelve emprender; y 3ª) No intentar alterar el orden del mundo, ni desear lo imposible (hacer de la necesidad virtud).

Pero esta ética, una vez hallado el Cogito y conocida la existencia de Dios, ha de ser sustituida por una auténtica ética filosófica, más sólida y mejor fundamentada, que en Descartes es una moral del buen juicio.

El centro de la ética cartesiana es la libertad del sujeto, el libre albedrío de la voluntad, que es lo que asemeja al hombre a Dios y le diferencia de los animales.

Según Descartes, el hombre es tanto más libre cuanto más fuerte es su alma, es decir, cuanto más ejerce el autodominio, controlando las pasiones del cuerpo, y encauzándolas adecuadamente, mediante su razón, hacia el bien.

Descartes cree por consiguiente, que la auténtica libertad se obtiene, no cuando uno se deja llevar por la fuerza ciega y oscura de las pasiones, sino cuando la voluntad libre es iluminada por la razón y el conocimiento de ideas claras y distintas. De este modo, la clave de la ética cartesiana es juzgar bien: quien conoce la verdad, no puede dejar de actuar correctamente; en cambio, el mal procede de las pasiones que, con sus ideas oscuras y confusas enturbian la mente del sujeto y le hacen actuar mal.

El autodominio se expresa a través de la virtud más perfecta que es la generosidad.
 Se trata de una virtud que garantiza la máxima felicidad y la mayor alegría para el sujeto, pues gracias a ella es consciente de que valiéndose de su razón, es capaz de dominar sus pasiones más bajas y viles (como el orgullo y el egoísmo), renunciando a aquellos bienes externos que coartan su libertad.

Asimismo, es esta virtud la que garantiza la conservación de la sociedad, porque un gobierno justo es siempre aquel en el que el gobernante se muestra más razonable, ejerciendo el poder con generosidad, legitimidad y justicia.

En el control de las pasiones ejercido por la virtud juega un papel importantísimo la glándula pineal: como es ella la que pone en contacto el alma con el cuerpo, el alma sufre cuando recibe a través de dicha glándula la influencia de las pasiones que de él proceden; pero el alma puede mostrarse también activa, dominando tales pasiones, cosa que logra transmitiendo a través de la glándula pineal las órdenes que dicta la razón a los músculos del cuerpo. Por consiguiente, para alcanzar un comportamiento éticamente virtuoso, es menester cambiar la orientación de la glándula pineal, y habituarse a que el alma (la razón) mande sobre el cuerpo (las pasiones).