ALMA Y CUERPO .
Descartes después de la duda llega a la primera verdad cierta:
cogito ergo sum, lo único que conoce es que es un ser o alma pensante, un espíritu. Para pensarse a sí mismo como un alma pensante no necesita la idea de su cuerpo entonces aplicando su Racionalismo diciendo que lo que concibe como distinto, en la realidad debe ser distinto porque el paralelismo entre la razón y la realidad es absoluto; la realidad es racional, idea que proviene de su concepción mecanicista. Para concebir su alma no necesita la idea de su cuerpo, alma y cuerpo son distintos. Una de las motivaciones para este dualismo es salvaguardar la libertad humana señalando el alma, que está fuera del mundo mecánico donde no es posible la acción libre.

Descartes se ve en la problemática de explicar la relación entre algo no físico, el alma y algo físico el cuerpo diciendo que el alma es el piloto y el cuerpo la nave pero no logra dar una solución, pues la relación alma – cuerpo es más estrecha que la del piloto y la nave,  cuando la nave se quema, el piloto percibe la quemadura por su entendimiento, pero cuando mi cuerpo se quema, mi alma percibe la quemadura por entendimiento y  sufre también. Al final dice que el alma interactúa con el cuerpo a través de la glándula pineal pero eso no es solucionar el problema pues la glándula pineal es material quedando la pregunta de cómo algo espiritual influye en algo material .

Otros autores como Leibniz y Malebranche intentan dar una solución al dualismo cartesiano diciendo que alma y cuerpo están incomunicadas y que la comunicación entre ambas viene de Dios. Malebranche, con su teoría del ocasionalismo dice que Dios es la causa única de todo. Leibniz, con su teoría de la armónía preestablecida, dice que Dios al crear el cuerpo y el alma, lo hace estableciendo entre ellos una armónía siendo dos relojes sincronizados por un relojero, Dios.

Duda y certeza.
La duda para Descartes es la duda como método para precisamente alcanzar la verdad o la certeza. Para él, la duda son las verdades en las que pudiera haber la  posibilidad de error llegando a alcanzar una verdad que resista a toda duda que sea imposible dudar. Y dudando de todo se da cuenta de que para dudar hay que pensar y por tanto no puede dudar de que está pensando y esa verdad, que está pensando (cogito ergo sum) es la verdad más cierta de todas y a partir de esto deducirá su filosofía. ¿Por qué esa verdad es cierta? Porque se presenta a su espíritu tan clara y distintamente que no puede dudar de ella. La claridad y la distinción es el criterio de certeza que Descartes formula en la primera regla del método. No obstante aquí muchos han observado un círculo vicioso porque en las Meditaciones Metafísicas (El Discurso del Método), en la duda introduce la hipótesis del genio maligno para dudar incluso de las verdades claras y distintas que es el criterio de certeza definido en la primera regla del método. ¿Y si un genio maligno me hiciera entender como verdadero lo que es falso? El círculo vicioso estaría en haber dudado de las verdades claras y distintas con la hipótesis del genio maligno y después aceptar el cogito como certeza absoluta por ser una idea clara y distinta.

PENSAMIENTO E IDEAS. Para Descartes el pensamiento, es la función que ejerce la razón, en contraposición a la experiencia sensible.  Siendo la razón la que lleva a la verdad. En Descartes pensamiento es contenido consciente. Pensamiento y conciencia son lo mismo y no hay lugar para el inconsciente. Por “pensar” entiende “todo lo que se produce en nosotros y que percibimos inmediatamente por nosotros mismos; no sólo entender, querer, imaginar sino también sentir”. El pensamiento es el atributo o esencia del alma o res cogitans. “Si dejara de pensar, en ese mismo momento dejaría de existir» . Pensar es considerar ideas con las que conocemos el mundo o la realidad. Para la filosofía anterior a Descartes, el pensamiento recae directamente sobre las cosas. Si yo estoy pensando que el mundo existe, estoy pensando en el mundo y no en mi idea de mundo. Para Descartes es al revés. En el ejemplo citado, yo no pienso en el mundo sino en la idea de mundo que yo tengo. ¿Cómo sé entonces que a esa idea le corresponde un mundo ahí fuera de mi mente? Por eso hay que distinguir entre las ideas en cuanto actos mentales y las ideas en cuanto poseen un contenido objetivo. Como actos mentales, todas las ideas son iguales, es decir, modos del pensamiento; pero en cuanto representan algo, son distintas. Bajo este último punto de vista hay de tres tipos: a) las que están en nuestra mente y tenemos conciencia que nos vienen del mundo exterior, a través de los sentidos, el cual solo conocemos a través de esas ideas.(idea de árbol, hombre, color…) Son las ideas adventicias. B) Después tenemos otro tipo de ideas que nos inventamos nosotros posiblemente combinando ideas adventicias; (idea de centauro, de marciano) son las ideas facticias. C) Por último Descartes habla de la existencia de unas ideas que son las más importantes pues la mente no las fabrica ella misma sino que las descubre sin ayuda de la experiencia sensible. Son las ideas innatas.
Las dos ideas más importantes de su sistema filosófico son la idea de mi alma (cogito) y la idea de Dios que está implícita en el cogito y le ayuda a poder salir del encierro de su conciencia descubriendo que las ideas adventicias, en efecto corresponden al mundo exterior.