Descartes elabora la teoría antropológica dualista, es decir, la concepción del ser humano como un compuesto de las dos sustancias: el pensamiento y la materia extensa, como sustancias independientes e irreductibles entre sí. Afirma rotundamente que el alma y el cuerpo están estrechamente unidos. Además, insiste en afirmar el alma como un ser pensante, una sustancia completamente diferente e independiente del cuerpo, materia extensa, y que, pese a su estrecha unión, puede existir sin él. En esta insistencia está en juego la libertad. Si insiste en afirmar la distinta naturaleza del cuerpo y del alma, y su total independencia, es para sustraer al alma del cumplimiento de las leyes necesarias del universo mecanicista. Al dejar a salvo la libertad, Descartes quiere, además, salvar el resto de valores espirituales en los que cree y a los que defiende, como la inmortalidad del alma.
Nuestro cuerpo, como una cosa material, está sujeto por tanto, a las mismas leyes de la materia, por lo que carece de libertad. Si queremos salvar la libertad humana, entonces debe residir en algo que por naturaleza esté al margen de las leyes necesarias, y ese algo solo puede ser el alma, la res cogitans, el yo como pensamiento. La relación entre ambas sustancias es un problema. Primero, porque la separación que establece es radical al concebirlas como dos sustancias diferentes que poseen atributos distintos: el pensamiento y la extensión. En segundo lugar, porque es plenamente consciente de la estrechísima relación entre ambas. Descartes nos dice que el alma y el cuerpo están más unidos que el piloto y el barco; están tan unidos que es como si formaran una misma cosa.
El entendimiento concibe inicialmente mi cuerpo como un cuerpo más; son los sentimientos de dolor, de sed, de hambre, etc., los que posibilitan que yo comprenda que este cuerpo es mi cuerpo. ¿Cómo explicar esta estrecha relación? Descartes nos explica que en el centro, en la parte más baja del cerebro se encuentra una glándula, llamada pineal, donde tendría lugar la interacción cuerpo-alma. Esta explicación es claramente insatisfactoria y está considerada como uno de los puntos más débiles de la filosofía cartesiana. Las pasiones son percepciones, sentimientos o emociones que se dan en nosotros y que afectan al alma, pero cuyo origen es el cuerpo y son causadas por las tendencias del cuerpo.
Involuntarias, pues no dependen del alma racional, sino que se le imponen a ella. Irracionales, pues no son acordes con los dictados de la razón, obligando a la voluntad a establecer una lucha para someterlas a su control.
La fuerza del alma consistirá en tratar de controlar y dirigir las pasiones. Para Descartes, las pasiones no son siempre malas, pero exige que sean satisfechas de forma inmediata. En realidad, las pasiones no son en sí ni buenas ni malas, lo bueno o malo es el uso que se haga de ellas, por lo que se debe aprender a gobernarlas. La razón es la encargada de proporcionar el conocimiento y los juicios para que la voluntad pueda conducir adecuadamente las acciones de la vida. En esto, Descartes sigue las enseñanzas de los estoicos, según los cuales había que estar por encima de la violencia de las pasiones para alcanzar el equilibrio interior y la paz del espíritu. En esta lucha por controlar y encauzar las pasiones es donde interviene la libertad. La libertad es la capacidad de elegir entre diversas opciones que se nos presentan. Ahora bien, la libertad no consiste en la indiferencia. La indiferencia se debe a la ignorancia del entendimiento. Solo cuando el entendimiento tiene ideas claras y distintas sobre lo bueno, lo verdadero y lo falso, la voluntad puede elegir con plena libertad, porque la libertad consiste precisamente en que la voluntad elija aquello que el entendimiento le presenta con claridad y distinción como lo bueno y lo verdadero. La libertad, pues, consiste en el sometimiento de la voluntad al entendimiento.
Para Descartes, la libertad solo puede residir en el alma, porque al no ser sustancia extensa no está sometida al dictado de las leyes necesarias de la mecánica. El alma tiene dos funciones: el entendimiento y la voluntad. El entendimiento es la facultad de pensar, de tener intuiciones de las verdades claras y distintas. La voluntad es la facultad de afirmar o negar, y Descartes la identifica con la libertad. La voluntad, al ser la facultad de afirmar o negar, a veces afirma con precipitación la realidad y verdad de alguna idea del entendimiento cuando esta es confusa, mientras que otras veces, por prevención, niega una idea clara y distinta. El tema central respecto a la voluntad es la libertad, porque incluso la posibilidad de error es derivada de la libertad. Descartes sostiene que la existencia de la libertad es algo evidente, y es además la máxima perfección del hombre. La libertad es, pues, la característica esencial de la voluntad y es ella la que nos puede llevar a la verdad o al error, al bien o al mal, según cómo la utilicemos.