Descartes decide poner los fundamentos de su filosofía apoyándose exclusivamente en su propia razón, e intenta crear un sistema unitario fundamentando en principios de los que se derivarían los demás conocimientos. En concordancia con el pensamiento de la Edad Moderna, Descartes pensaba que las matemáticas eran la clave del progreso y que todas las ciencias recurrían a ellas, lo que le hace llegar a la conclusión de que la ciencia está unificada, a diferencia de lo que pensaba Aristóteles. El francés representa las ciencias mediante un árbol. Las raíces corresponden a la metafísica, puesto que Dios es la base de todo, el tronco sería la física y la copa del árbol serían las ciencias aplicadas. La manera para alcanzar el conocimiento que él propone la muestra en el “Discurso del
Método”. En este, Descartes sostiene que la razón opera mediante dos procesos: intuición y deducción. La intuición es el conocimiento inmediato de un objeto y la deducción consiste en ir derivando otras verdades de lo ya conocido. El método lo conforman las cuatro reglas para emplear correctamente estas operaciones mentales, que aparecen en la parte dos del Discurso. Estas reglas son, por orden, las siguientes: admitir lo evidente (lo que conocemos de forma clara, distinta e inmediata), el análisis o descomposición de un problema en sus partes mínimas para hallar la solución, la síntesis (ir de lo más simple a lo más complejo) y, por último, la enumeración y revisión de los hechos. Con estas cuatro reglas se pretende llegar a la Verdad. Anteriormente, Descartes estableció veintiuna reglas en su libro “Reglas para la dirección del ingenio”, pero, como el Discurso, está dirigido a un público más amplio las resume en cuatro. En la segunda parte del Discurso plantea su método y en la cuarta lo aplica. En la cuarta parte busca encontrar una primera Verdad mediante la duda, que no es una duda escéptica, sino una duda metódica y universal, con el fin de alcanzar el conocimiento.
Por tanto, Descartes duda de todo lo que se puede dudar. Duda de los sentidos, porque si alguna vez nos han engañado, podrían hacerlo siempre, duda de la razón; puesto que cometemos errores al razonar, también duda de que todo podría ser un sueño y que lo que estamos viviendo no es real; y, por último, duda de la existencia de un genio maligno que nos engaña. La idea del genio maligno no aparece en el Discurso, sino en las “Meditaciones metafísicas”. Tras dudar de todo, Descartes llega a la primera Verdad. De lo único que no puede dudar es de que está dudando, y dudar equivale a pensar (cogito). Según él, para pensar necesariamente tenemos que existir, de ahí la frase: “Pienso luego existo” (“Cogito ergo sum”, en latín). La idea del cogito cartesiano se parece a la idea de San Agustín de “Si fallor sum”, aunque su filosofía se deferencia de la cartesiana porque éste se centra en Dios y Descartes se centra en el sujeto y su interioridad. Pascal critica la afirmación de Descartes porque piensa que no solo somos razón, sino que también tenemos sentimientos. Una vez obtiene la primera verdad indubitable, se dedica a estudiar las ideas, a las que clasifica en tres tipos: las ideas innatas, que son las que tenemos en nuestro interior desde que nacemos, las adventicias, que son las que proceden del exterior ya que las captamos por los sentidos, y las falacias, que son las que inventa nuestra imaginación. Se centra en las ideas innatas, puesto que son claras, distintas y comunes a todos, y estudia la idea del infinito y la perfección, con las que consigue demostrar la existencia de Dios. Tres son los argumentos que utiliza para demostrar esta existencia: el primero dice que admitir que lo más perfecto, procede de lo menos perfecto; sería absurdo. La causa de nuestra perfección no puede ser otra que el mismo ser perfecto (Dios) que ha puesto esta idea en nosotros. El segundo argumento afirma que no somos perfectos, puesto que dudamos, pero tenemos la idea de perfección. Por consiguiente, la poca perfección que poseemos no proviene de nosotros, pues si fuésemos capaces de darnos una perfección, nos habríamos dado todas las perfecciones que concebimos. Dependemos, pues, de una causa que por sí misma posee todas las perfecciones y esa causa es Dios. La tercera prueba es a la que Kant llama “Argumento ontológico”. Si tomamos como punto de partida la idea de Ser perfecto, descubrimos que su existencia se encuentra necesariamente contenida en esa idea, pues si faltara la existencia, ya no sería la idea de Ser perfecto. Como se ha probado la idea de un Dios infinito y perfecto, ya no puede existir un genio maligno. A partir de esta conclusión, establece tres tipos de sustancias: la res cogitans (el “yo” como sustancia pensante), la res extensa (mundo exterior) y la res infinita (Dios). El ser humano es peculiar, pues tiene alma (res cogitans) y cuerpo (res extensa), por tanto, Descartes, establece un dualismo antropológico. Según el francés, el alma y el cuerpo están unidas a través de la glándula pineal, localizada en el cerebro. Descartes descubre primero la res cogitans, y a partir de ahí llega a la res infinita y, luego, a la res extensa; pero en orden de importancia, la res infinita es la primera porque todo gira en torno a Dios, después va la res cogitans y, por último, la res extensa.