El primer paso en el filosofar lo da Descartes en cuanto se desengaña de los estudios realizados. Se siente torturado desde su juventud por haber aceptado una serie de verdades como ciertas, sin haberlas comprobado personalmente. Se despide del Colegio de la Flèche con un profundo desengaño en la mayor parte de las ciencias excepto en las matemáticas. Abandona los estudios y se dedica a »leer el gran libro del mundo», viajando..La necesidad de un método en filosofía ya se había sentido en el Renacimiento. Bacon la puso de relieve; pero en Descartes es ya una verdadera obsesión. El método preferido, el más exacto, es el matemático (un método que nos haga legar, por medio de la deducción, de una verdad cierta a las demás verdades).En el Discurso del Método propone Descartes varias reglas »para bien dirigir la razón y buscar la verdad en las ciencias». En ellas se halla en germen toda la concepción racionalista del Universo. La primera exige no admitir por verdadero más que aquello que se presente como clara y distinto, es decir, con las cualidades de la evidencia interior racional. La segunda manda dividir cada dificultad que se presenta en tantas partes como sea necesario para llegar a su resolución. Aquí se halla implicada la tendencia general del pensamiento moderno, consistente en reducir todo orden de la realidad a los inferiores o más evidentes hasta llegar a la comprensión matemática, esto es, racional o necesaria. La tercera prescribe conducir ordenadamente el pensamiento partiendo de esos objetos simples o evidentes hasta llegar al conocimiento de lo más complejo. La cuarta, en fin, sugiere hacer recuentos y revisiones generales para no perder de vista la estructura racional del conjunto. Para llegar a una primera verdad o idea, firme y segura, de la que tengamos total certeza, hay que empezar dudando. ¿Cómo es la duda? La duda cartesiana es universal, metódica y teorética. Es universal, porque propone dudas de todo; es metódica, porque Descartes no se propone dudar realmente de todo, cosa que es imposible prácticamente, sino obrar como si realmente dudase, dudar universalmente por método; y es teorético, en el sentido de que no debe extenderse al plano de las creencias o comportamientos éticos. Pero, ¿de qué duda en concreto? Duda de los sentidos; algunas veces nos engañan, no podemos fiarnos de ellos. Duda del mundo exterior; si a veces es imposible distinguir la realidad del sueño, ¿cómo podemos estar ciertos de que existe el mundo exterior? Duda de los propios razonamientos; mi entendimiento -dice Descartes- se puede equivocar cuando razona, aún de sus propias demostraciones matemáticas. Duda de sí mismo; »Es posible que yo tenga una especie de duendecillo en mi interior, algún espíritu maligno que me induce a errar».Todo parece dudoso para Descartes en algún aspecto… Sin embargo, se detiene ante una proposición en la que no ve posibilidad de ataque ni aún por parte de los más refinados argumentos de los escépticos. Esta proposición es su tan conocido: »Pienso, luego soy» (»Cogito, ergo sum»). Dudo de todo, pero, al dudar estoy pensando, y si pienso, existo. A partir del cogito es donde empieza su nuevo caminar filosófico: se trata de un »pienso, luego soy» en el que se intuye que el yo existe como una sustancia cuya esencia o naturaleza es pensar.A partir del cogito, Descartes deduce la sustancia.

Distingue tres sustancias: Res cogitans (alma)
,  Res infinita (Dios) y Res extensa (cosas materiales).Para Descartes, cualquier sustancia es en sí y por sí. A cada sustancia le corresponde un atributo, que es inseparable de la sustancia: a la res cogitans le corresponde el atributo del pensamiento, a la res infinita el de la perfección; y a la res extensa el de la extensión. Lo propio de la sustancia es la existencia, pero no cualquier forma de existencia, sino la existencia independiente: no necesita de nada más que de ella misma para existir. De esta definición se seguirá que sólo Dios es substancia, puesto que las criaturas necesitan de Dios para existir (Dios da la existencia -y luego la conserva- a todas las criaturas).De ahí que Descartes diga que el concepto de »substancia» no se refiere del mismo modo a Dios que a las criaturas y que, por tanto, haya por clases de sustancias:-La sustancia infinita (Dios), a quien conviene absolutamente esta definición.-Las sustancias finitas (almas y cuerpos), que no necesitan de nada más para existir, salvo Dios. Por tanto, una sustancia finita no necesita, para existir, de ninguna otra sustancia finita; el alma, por ejemplo, no necesita del cuerpo para existir. De aquí se sigue, inmediatamente, el dualismo cartesiano.Como ya señalamos anteriormente, Descartes dice que a cada sustancia le corresponde un atributo. El »atributo» constituye la esencia de la sustancia y se identifica en ella. Cada tipo de sustancia posee un solo atributo: el alma es pensamiento, y los cuerpos son extensión. Las diversas formas como están dispuestas la sustancia se llaman modos. Por ejemplo, un cuerpo (sustancia) es extensión (atributo) que tiene una figura determinada (modo); sustancia, atributo y modo son, pues, los tres conceptos fundamentales de la metafísica cartesiana.En cuanto a la sustancia infinita, Descartes hace el siguiente razonamiento: El que yo pueda dudar demuestra que soy libre, pero también demuestra que soy imperfecto (»hay mayor perfección en conocer que en dudar»). Descartes descubre entonces en su alma una idea singular: la idea de perfección. ¿De dónde procede tal idea? No puede haber sido construida por uno mismo, ni venir de fuera, ya que ni yo ni las cosas del mundo somos perfectos. Tiene que ser una idea innata, puesta en mí por un ser que realmente sea perfecto: Dios. Dios, por tanto, existe. Descartes aporta otras pruebas de la existencia de Dios, entre ellas el »argumento ontológico’, creado por  San Anselmo. Pero lo importante es que Dios ocupa la clave de la bóveda del sistema cartesiano.En cuanto a las sustancias finitas: el alma no es sino pensamiento (es una sustancia finita, cuyo único atributo es el pensamiento). Sin embargo, los modos del pensamiento son múltiples: juzgar, razonar, sentir.., todos ellos actos conscientes. En cuanto al cuerpo (cualquier cuerpo) no es sino extensión: la extensión es su único atributo o esencia. Los modos del cuerpo son dos: la figura y el movimiento.Volviendo sobre la sustancia infinita es importantísimo no olvidar que esta es el culmen del sistema cartesiano y, a la vez, su fundamento: la evidencia encuentra su última garantía en Dios. En efecto, se podría dudar incluso de la misma evidencia, si las ideas claras y distintas son siempre verdaderas es porque Dios -que es un Dios bueno y veraz, y no un »genio engañador»- no ha podido dotar al hombre de una facultad de conocimiento que le induzca a errar.